В больших проектах много деталей. Их может быть и 100, и 1000, и 10000, и более. На каждую деталь 2 файла - модель и чертеж. На каждую сборку 3 файла - модель, чертеж и спецификация. Хранить весь проект в одной папке неудобно.
    Самая главная сборка проекта состоит из подсборок и деталей. Каждую подсборку следует помещать в отдельную папку. Каждая подсборка также может делить на подподсборки и детали. И так деление может происходить многократно в зависимости от величины проекта.
    Но увлекаться большими вложениями не стоит. У WINDOWS есть ограничение на длину имени. И имя это не наименование файла, а путь до файла. Если ваш путь к файлу будет содержать более 255 символов начиная от C:\, то компас его не откроет. Но если проблемный файл переместить хотя бы на уровень вложения ниже, то проблема будет решена и Компас файл сможет открыть. Поэтому не увлекайтесь длинными обозначениями и наименованиями.

    Обозначения моих проектов выглядят так

ААА.БББ.ВВВ

    ААА - это номер заказа, как правило мне его дает заказчик. Но если заказчик не ведет базы заказов, то я назначаю сам (например, КС001, КС002 и т.д., где КС - это шифр заказчика беру от названия юрлица, а цифры - это номер проекта для заказчика).
    БББ - это номер сборки или подсборки. 000 - главная. 100, 200, 300 и т.д. - входящие в 000. 110, 120, 130 и т.д. - входящие в 100. 210, 220, 230 и т.д. - входящие в 200. И т.д.
    ВВВ - номера деталей внутри сборки, подсборки, подподсборки и т.д.